Misiunea Colegiului Naţional „Emil Racoviţă” Iaşi este promovarea excelenţei în educaţie, exprimată în termeni de valoare adăugată şi valoare creată, prin dezvoltarea fiecărui elev la potenţialul său maxim. Misiunea Colegiului Naţional „Emil Racoviţă” poate fi esenţializată în cuvintele „Mereu mai buni, cel puţin egali cu noi înşine”.

Colegiului Naţional „Emil Racoviţă” Iaşi are rol de avangardă în modernizarea şi reformarea învățământului românesc preuniversitar. Este componentă activă în integrarea europeană a şcolii româneşti. Educaţia este înţeleasă ca valoare pentru cel ce învaţă. Demersurile educaţionale sunt centrate pe:

• a învăţa să ştii;
• a învăţa să faci;
• a învăţa regulile convieţuirii;
• a învăţa să fii.