Opera antumă
Opera antumă foarte vastă a lui Onisifor Ghibu are ca subiecte principale: pedagogia şi educaţia, problemele şcolare, unirea celor două biserici româneşti, politica religioasă şi minoritară a statului român faţă de politica duşmănoasă şi revizionistă a unor organizaţii laice şi călugăreşti, problemele basarabene. Dintre cele peste 100 de lucrări publicate amintim: „Limba nouălor cărţi bisericeşti” (1905), „O călătorie prin Alsacia şi Lorena, Ţara şi şcolile ei” (1909), „Cercetări privitoare la situaţia învăţământului primar şi la educaţia poporală”, „Despre educaţie” (1911), „Şcoala românească din Ungaria” (1912), „Din istoria literaturii didactice româneşti”, „Universitatea din Cluj şi institutele ei de educaţie” (1922), „Universitatea românească a Daciei superioare” (1924), „Portrete pedagogice” (1927), „Contribuţiuni la istoria poeziei noastre populare şi culte” (1934), „Picu Pătruţ din Sălişte”, „Prolegomenă la o educaţie românească” (1941)
Opera publicată postum
Prin grija în special a fiilor săi, Octavian şi Mihai Ghibu, s-au publicat postum, manuscrisele rămase după moartea lui Onisifor Ghibu. Între acestea menţionăm „Amintiri despre oameni pe care i-am cunoscut” (Dacia, 1974), „Pentru o pedagogie românească” (EDP, 1975), „Pe baricadele vieţii. Anii mei de învăţătură” (Dacia, 1981), „Oameni între oameni I” (Eminescu, 1990), ”Ziar de lagăr. Caracal 1945” (Albatros, 1991), „Pe baricadele vieţii. În Basarbia revoluţionară 1917-1918” (Universitas Chişinău, 1992), „Chemare la judecata istoriei” (2 volume – Albatros, 1992-1993), ”În vâltoarea Revoluţiei ruseşti. Însemnări din Basarabia anului 1917” (FCR, 1993), ”Pagini de jurnal” (3 volume – Albatros, 1996-2000), „Onisifor Ghibu în corespondenţă” (2 volume – Semne, 1998), ”De la Răscoala lui Horia la Dictatul de la Viena” (Albatros, 2001), „Amintirile unui pedagog militant” (ICR, 2004), „Oameni între oameni II” (Albatros, 2006), „Din scrisorile primite de Onisifor Ghibu” (3 volume – Semne, 2007), „Octavian Goga. Prietenie şi luptă de o viaţă” (Semne, 2010).

Fondator al învăţământului superior la Chişinău
„Onisifor Ghibu a susţinut ideea înfiinţării unui institut superior de agricultură la Chişinău. El a plecat de la constatarea că institutul cu acest profil din Iaşi era frecventat de studenţi care erau, în proporţie de 95%, din Basarabia. Demersul său a venit în contextul în care autorităţile locale din Chişinău insistau pentru înfiinţarea unei facultăţi de teologie ortodoxă. Însă Onisifor Ghibu a recomandat să fie lăsată teologia pe planul doi al priorităţilor. În pledoaria sa pentru o universitate care să includă un institut de agronomie la Chişinău a adus şi un alt argument forte: „Ruşii au creat Republica Moldovenească bolşevică, dincolo de Nistru, iar noi trebuie să răspundem printr-o instituţie puternică, care să impună şi celor aproape un milion de fraţi rămaşi sub «sugestiile» celui mai periculos dintre vecini".
De altfel, este semnificativ cum semna Onisifor Ghibu scrisorile sale către autorităţiile române: „profesor la universitatea din Cluj, comisar general al ASTREI pentru Basarabia, directorul ziarelor România Nouă şi Cuvânt moldovenesc din Chişinău, senator de Orhei". Aceasta nu dintr-o vanitate sau megalomanie, ci pentru a atesta răspunderile care şi le-a asumat şi cu care a fost încredinţat. Şi tot el este omul care a dus la Chişinău şi prima tipografie românească care a permis trecerea, treptată, la grafia latină.[…]. Onisifor Ghibu a înfiinţat şi Partidul Naţional Moldovenesc, înainte de anul 1918, partid care a jucat un rol hotărâtor în procesul de unire cu regatul României. Şi pentru toate acestea şi alte fapte mai puţin ştiute, basarabenii l-au omagiat pe Onisifor Ghibu şi pe fiul său Octavian. La 31 mai 1998 au dezvelit un monument închinat amintirii lor.” (Virgil Lazăr, Onisifor Ghibu, apostolul Basarabiei)